Законом України від 16 липня 2015 року №643-VIII «Про внесення змін до Податкового кодексу України щодо удосконалення адміністрування податку на додану вартість» внесено зміни до Податкового кодексу України, зокрема, сільськогосподарські підприємства, які обрали спеціальний режим оподаткування відповідно до статті 209 цього Кодексу, в системі електронного адміністрування ПДВ використовують два електронних рахунки: основний та додатковий. Основний електронний рахунок призначається для проведення розрахунків з бюджетом. На основний електронний рахунок сільськогосподарські підприємства перераховують зі свого поточного рахунку кошти в сумах, необхідних для реєстрації податкових накладних по діяльності іншій, ніж сільськогосподарська.
Додатковий електронний рахунок призначений для перерахування коштів на спеціальні рахунки сільськогосподарських підприємств. На цей рахунок сільськогосподарським підприємством зараховуються кошти з поточного рахунку в сумі, необхідній для реєстрації податкових накладних, які складаються сільськогосподарським підприємством при здійсненні операцій з постачання сільськогосподарських товарів/послуг у межах спеціального режиму оподаткування.
З додаткового електронного рахунку кошти автоматично перераховуються Державною казначейською службою України на спеціальні рахунки сільськогосподарських підприємств протягом операційного дня, в якому кошти надійшли на такі електронні рахунки.
Порядок акумулювання сільськогосподарськими підприємствами сум податку на додану вартість на спеціальних рахунках, відкритих у банках та/або органах, які здійснюють казначейське обслуговування, затверджений постановою Кабінету Міністрів України від 12 січня 2011 року №11. Пунктом 4 Порядку передбачено, що суми податку на додану вартість, що акумулюються на спеціальному рахунку, використовуються сільськогосподарським підприємством відповідно до пункту 209.2 статті 209 Кодексу - на виробничі цілі. У разі їх нецільового використання сільськогосподарське підприємство несе відповідальність відповідно до законодавства.