Зміни регламентовано постановою Кабінету Міністрів України від 13 липня 2016 року №440 «Про затвердження Порядку ведення Реєстру неприбуткових установ та організацій, включення неприбуткових підприємств, установ та організацій до Реєстру та виключення з Реєстру».
Новим Порядком визначено:
-       алгоритм дій для неприбуткових організацій та контролюючих органів при включенні/виключенні неприбуткових організації до/із такого Реєстру; -       особливості перебування у Реєстрі, включення та виключення неприбуткових організацій з Реєстру в перехідний період до 1 січня 2017 року. Неприбутковим організаціям необхідно до 1 січня 2017 року привести свої установчі документи у відповідність з вимогами, встановленими статтею 133.4 Податкового кодексу України.
У разі не подання копії оновлених документів до органів фіскальної служби, такі організації будуть виключені з Реєстру неприбуткових установ та організацій після 1 січня 2017 року.